Экс-премьера обвинили в "пассивной коррупции" и "извлечении выгоды из влияния" в деле о банковских нарушениях. Часть материалов с выдвинутыми обвинениями следствие передало в судебную инстанцию 22 декабря 2015 года. Процесс против Филата начался 5 января, а 27 июня его приговорили к девяти годам заключения в пенитенциаре закрытого типа. Коллегия судей Апелляционной палаты Кишинева на заседании 11 ноября не изменила срок заключения. Сторона обвинения ранее требовала приговорить Филата к 19 годам тюрьмы. Адвокаты настаивали на освобождении своего клиента. После этого, 15 декабря 2016 года Филата исключили из списка депутатов молдавского парламента.

Филат должен будет отбывать наказание в тюрьме Липкан. Пенитенциар №2 расположен на севере Молдовы недалеко от границы с Румынией. Филат будет находиться в закрытом секторе, где заключенные содержатся исключительно в камерах. За сутки им разрешено выходить на территорию пенитенциара лишь на два часа. Ранее глава Антикоррупционной прокуратуры РМ Виорел Морарь заявлял Sputnik, что Филат проходит подозреваемым и по другим статьям обвинения.