Согласно законопроекту, с 1 января 2004 года только суд сможет принимать решение о применении меры пресечения в виде заключения под стражу, домашнем аресте, продлении срока содержания под стражей, производстве обыска и выемки документов в жилых помещениях, личного обыска, наложении ареста на имущество и др.

Кроме того, на территории России с 1 января 2003 года предполагается ввести институт присяжных заседателей, которые по ходатайству обвиняемого получат право рассматривать дела, по которым предусмотрены наиболее суровые виды наказания. Предусмотрен также порядок рассмотрения уголовных дел, по которым следует наказание в пределах 10 лет лишения свободы единолично судьей, ликвидируется институт народных заседателей.

Помимо этого вводится перечень доказательств, которые не могут быть положены в основу обвинения, а также ряд других норм, направленных на либерализацию уголовно-процессуального законодательства. Госдума поддержала также поправку президента РФ, вводящую упрощенную процедуру судебного производства (т.н. "судебную сделку"), в соответствии с которой обвиняемый, с согласия обвинителей и потерпевшего вправе заявить о согласии с предъявленными ему обвинениями и ходатайствовать о назначении наказания без предварительного судебного разбирательства, если наказание не будет превышать трех лет лишения свободы.

При рассмотрении проекта депутаты по просьбе президента России вернули кодекс во процедуру второго чтения и одобрили ряд президентских поправок, уточняющих процедуру возбуждения уголовных дел, а также касающихся порядка привлечения к уголовной ответственности отдельных категорий высших должностных лиц страны. За принятие УПК в третьем чтении проголосовали 289 депутатов, против - 93, воздержавшихся не было.