Саммит в Кремле продолжался более трех часов. Сначала дискуссия велась в узком составе, в присутствии лишь ближайших помощников и переводчиков лидеров двух стран. Затем к ним присоединились члены официальных делегаций.

Как и предполагалось, территориальная проблема в ходе переговоров была поднята на уровень приоритетной. В самом начале встречи с Путиным Коидзуми заявил, что считает крайне необходимым скорейшее заключение мирного договора между двумя странами. Выражая твердое намерение "придать новое дыхание" российско-японским отношениям, Коидзуми подчеркнул, что они никак не могут сдвинуться с мертвой точки именно «из-за отсутствия полноценного мирного договора между нашими странами». В Совместной декларации о принятии так называемого "Плана действий" Россия и Япония подтвердили "решимость посредством энергичных переговоров по возможности скорее заключить мирный договор путем решения вопроса о принадлежности островов Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи и достичь таким образом полной нормализации двусторонних отношений". В документе также отмечается, что стороны "стремятся к окончательному преодолению трудного наследия прошлого в двусторонних отношениях и открытию новых горизонтов для широкого российско-японского партнерства".

Среди актуальных проблем, отмеченных двумя лидерами в «Плане действий», - "сожаление и глубокая озабоченность по поводу недавнего развития ситуации в связи с северокорейской ядерной программой и заявления КНДР о намерении выйти из Договора о нераспространении ядерного оружия и отказаться от выполнения обязательств по Соглашению о сотрудничестве и гарантиях с МАГАТЭ". Кроме того, в документе говорится о намерении продолжить сотрудничество в целях оказания помощи Афганистану и сопредельным с ним государствам, прилагать усилия к осуществлению соответствующего сотрудничества в целях пресечения распространения наркотиков с территории Афганистана в районе таджико-афганской границы.

Обе страны, согласно принятым на себя обязательствам, будут и впредь сотрудничать в поддержании и укреплении мира и стабильности как в глобальном, так и в региональном измерении, активно продвигать сотрудничество в ООН, в рамках "восьмерки" и других международных механизмов, принимая согласованные действия в различных международных вопросах.

Также Москва и Токио намерены осуществлять "активный обмен информацией о потенциальных угрозах по различным каналам, развивать взаимодействие по антитеррористической проблематике, используя учрежденный формат двусторонних консультаций по противодействию терроризму, а также сотрудничая при обсуждении тематики борьбы с терроризмом в рамках многосторонних структур, в том числе поддерживая усилия, направленные на скорейшее принятие антитеррористических конвенций, в первую очередь, Всеобъемлющей конвенции по борьбе с терроризмом и Конвенции о противодействии актам ядерного терроризма". Кроме того, Россия и Япония намерены расширять взаимодействие в рамках "группы восьми", а также сотрудничать в процессе подготовки к проведению саммита "восьмерки" в 2006 году в России, в том числе путем обмена имеющегося опыта. Также Россия подтвердила свою поддержку кандидатуры Японии в постоянные члены Совета Безопасности ООН.