Слияние функций утверждено в среду постановлением кабинета министров, который определил структуру, штатное расписание и регламент нового департамента. Новой структурой будет руководить в силу занимаемой должности вице-министр иностранных дел - эту должность на данный момент занимает Андрей Стратан. В штатах нового департамента предусмотрено 29 сотрудников, новая структура будет финансироваться как из госбюджета, так и из внебюджетных источников.

В рамках Департамента намечено создать три общих управления: Управление по политическим отношениям с Евросоюзом, в которое войдут отдел политического диалога между Республикой Молдова и ЕС и его институтами и отдел реализации процесса стабилизации и объединения; Управление по экономическому сотрудничеству; Национальное бюро Пакта стабильности. Согласно правительственному постановлению, Департамент призван обеспечить претворение в жизнь стратегии европейской интеграции, координировать вопросы финансового содействия Молдове по линии Евросоюза и курировать вопросы региональной кооперации.

Первый заместитель министра иностранных дел Андрей Стратан сообщил журналистам после заседания правительства, что создание департамента ускорит включение Республики Молдова во все инициативы, касающиеся европейской интеграции. Шансы Республики Молдова стать к 2007 году ассоциированным членом ЕС Стратан расценил, как реальные. "Европарламент принял в начале этого года постановление, которое рекомендует всем европейским институтам и структурам рассмотреть возможность включения Республики Молдова в процесс стабилизации и объединения, что свидетельствует об определенном интересе со стороны европейских структур к Республике Молдова", сказал вице-министр Стратан.

По его словам, работа над Концепцией европейской интеграции вступила в завершающий этап и до 25 августа Концепция будет представлена министру иностранных дел Николае Дудэу с последующим рассмотрением европейскими структурами.

Идея создания Департамента европейской интеграции озвучена 16 января 2003 года на заседании Комиссии по интеграции в Евросоюз, а 24 июля президент Владимир Воронин призвал правительство ускорить создание этого департамента.

В июне этого года национальный координатор Пакта стабильности для Юго-Восточной Европы Андрей Стратан был назначен заместителем министра иностранных дел Республики Молдова. До того, как стать координатором Пакта стабильности, Стратан возглавлял департамент таможенного контроля.