Первоначально в нём будет работать 30 человек. Бюджет на первый год составит 6 миллионов, на второй - 10 миллионов евро. Сотрудники будут координировать действия отдельных стран в вопросах охраны внешних границ Союза. Они не будут наделены контрольными и полицейскими полномочиями, а также правом издавать обязательные к исполнению распоряжения.

Цель агентства - разработка и внедрение единых стандартов. Кроме того, организация должна содействовать обучению пограничников в разных странах ЕС, анализировать факторы риска, а также отслеживать развитие технических средств по охране и контролю границ. В его задачи будет также входить координация действий по выдворению нелегальных иммигрантов с территории Евросоюза.

В Германии сейчас усиленными темпами идёт работа над созданием и вводом в эксплуатацию систем идентификации личности с использованием биометрических данных. В центр внимания общественности и государственных органов эти методики попали после терактов 11 сентября 2001 года.