Эмиль Лотяну родился 6 ноября 1936 года в селе Секуряны на Черниговщине. В 1953 - 55 годах учился на актерском факультете Школы - студии им. В. И. Немировича - Данченко при МХАТ. В 1962 году закончил режиссерский факультет ВГИКА (мастерская Г. Рошаля и Ю. Геники). Был автором нескольких сборников стихов и рассказов, сценариев всех своих фильмов. В 1962 - 1973 являлся режиссером киностудии "Молдова - фильм", с 1973 - киностудии "Мосфильм".

Лотяну дебютировал в 1964 году фильмом "Ждите нас на рассвете". Спустя два года поставил поэтическую ленту о молдавских чабанах "Красные поляны". В кинопоэме "Лаутары" режиссер рассказал о судьбе народных музыкантов.

Особую популярность принесли Эмилю Лотяну картины "Табор уходит в небо", "Мой ласковый и нежный зверь" и "Анна Павлова", посвященный жизни великой русской балерины.

Фильмы Эмиля Лотяну неоднократно отмечались призами крупнейших международных фестивалей, в том числе в Сан-Себастьяне. Эмиль Лотяну в 1969 году получил звание заслуженного деятеля искусств Молдавской ССР, в 1980 году стал Народным артистом России.

В последние годы Эмиль Владимирович активно занимался педагогической деятельностью, готовился к съемкам нового фильма.